在 Java 商城开发中，文件上传漏洞的危害比普通 Web 应用更为严重，因其直接关联到交易安全、用户数据和商业运营，主要体现在以下几个方面：

1. 支付与交易系统被攻击: 攻击者可能上传恶意 JSP/Servlet 文件，通过执行系统命令入侵商城后台，窃取支付接口密钥、篡改交易数据（如修改订单金额、伪造支付凭证），甚至直接转移用户账户资金，造成经济损失。
2. 用户敏感信息大规模泄露: 商城系统存储大量用户隐私（手机号、地址、银行卡信息等）和交易记录。恶意文件可能通过数据库连接信息访问敏感数据，导致用户信息被窃取、贩卖，引发合规风险（如违反《个人信息保护法》）和用户信任危机。
3. 商城运营功能瘫痪: 攻击者可上传恶意脚本删除商品数据、篡改价格体系，或通过上传大量垃圾文件耗尽服务器存储 / 带宽，导致商品展示异常、订单系统崩溃，直接影响商城正常交易，造成营收损失。
4. 供应链与品牌声誉受损: 若漏洞被用于植入钓鱼页面（如伪造支付弹窗）或传播恶意软件（如捆绑在商品下载文件中），会导致用户财产受损，进而引发品牌信任危机，甚至面临法律诉讼。
5. 后台管理权限被劫持: 商城后台通常包含订单审核、库存管理、促销活动配置等关键功能。攻击者通过恶意文件获取管理员权限后，可篡改库存数据、发布虚假促销信息，破坏商城运营秩序。

例如，某 Java 电商平台曾因未限制上传文件类型，被上传伪装成图片的 JSP 木马，攻击者借此获取后台权限，篡改了数千条商品价格，造成严重的经济损失和用户投诉。

因此，商城开发中需对文件上传功能实施更严格的防护（如多重文件校验、沙箱隔离、上传目录不可执行等），避免因单一漏洞引发连锁性商业风险。